Sorry for replying late. You are completely right. After killing compiz,  no matter how many times
of rotations I do, it really worked. After  resuming compiz, the rotation went wrong again...
...<br/>
So, should I report this problem to compiz/fusion?<br/>
<br/>
                                          
                  ddreamer<br/>
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<div class="gmail_quote">2010/9/27 Aaron Plattner <span dir="ltr"><<a target="_blank"
href="mailto:aplattner@nvidia.com">aplattner@nvidia.com</a>></span><br/>
<blockquote style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
padding-left: 1ex;" class="gmail_quote"> On Sun, Sep 26, 2010 at 10:00:22AM -0700, <a
target="_blank" href="mailto:ddreamer@ms93.url.com.tw">ddreamer@ms93.url.com.tw</a> wrote:<br/>
<br/>
Are you running Compiz?  I have a similar problem where Compiz appears to<br/>
get confused about the layout of a pair of screens when you rotate one of<br/>
them.  The terminal you used to run xrandr should still have the keyboard<br/>
focus, so try running "killall compiz" (or possibly "killall compiz.real")<br/>
to see if your screens get fixed.  If you start compiz again with the<br/>
screen already rotated then it seems to work.<br/>
<br/>
I haven't gotten around to tracking down exactly where the bug is,<br/>
unfortunately.<br/>
<font color="#888888"><br/>
-- Aaron<br/>
<br/>
</font></blockquote></div>